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科學工作流平臺常用的主要有哪些?

來源:北大青鳥飛迅校區(qū)|發(fā)布時間:2013-05-01 15:39:23

        所謂的科學工作流便是指這些用于管理、監(jiān)控和執(zhí)行科學過程的工作流。

  隨著信息化技術的飛速發(fā)展,許多新興學科充分利用現(xiàn)代信息技術強大的數(shù)據(jù)信息和知識處理能力,有力地促進了科學研究的發(fā)展。比如,生物信息學就是一門利用計算機工具進行海量生物數(shù)據(jù)的分析研究的交叉學科。這些學科研究大多涉及嚴格的工作步驟,隨著工作過程的復雜性和數(shù)據(jù)量的增加,很難通過簡單的人工來管理,利用工作流技術來管理這些科學實驗過程,已經(jīng)成為一種比較通用的機制。

  科學工作流與傳統(tǒng)工作流最重要的區(qū)別是,科學工作流主要以數(shù)據(jù)為中心,多涉及高通量數(shù)據(jù)的處理、共享與傳輸;而傳統(tǒng)的工作流技術更加注重業(yè)務過程的自動化。目前國內(nèi)外已經(jīng)開發(fā)出許多科學工作流平臺,其中常用的主要有:

  Taverna是一個基于開放源碼的工作流管理系統(tǒng),基于Web Service標準的面向服務架構,旨在整合風格各異的web services資源,用工作流的方式為生物學家提供簡便的生物信息學分析服務。它使用專有的語言——SCUFL(Simple Conceptual Unified Flow Language,SCUFL)來定義工作流。SCUFL語言是一種高層次的基于XML的概念語言,它允許用戶通過本地或遠程服務定義工作流。

  Kepler是在Ptolemy II系統(tǒng)之上,開發(fā)的一個開源的、支持工作流設計、部署和執(zhí)行的科學工作流系統(tǒng)。Kepler是以參與者(actor)為導向的設計,這里參與者是指可重復使用的獨立的計算模塊,如: Web服務等。從一組輸入中獲取數(shù)據(jù)再將數(shù)據(jù)寫入一組輸出中來形成參與者之間的數(shù)據(jù)流。

  目前,科學工作流技術尚缺乏統(tǒng)一的標準,多數(shù)平臺都是基于特定的研究領域。

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